Emne

Bioinformatikk (BIO510)

Kurset omfatter følgende emner: grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html. Bruk av gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstruksjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Innføring i Perl programmering for bioinformatikk.


Dette er emnebeskrivelsen for studieåret 2020-2021. Merk at det kan komme endringer.

Se emnebeskrivelse og eksamens-/vurderingsinfo for dette studieåret (2024-2025)

Semesters

Fakta

Emnekode

BIO510

Vekting (stp)

10

Semester undervisningsstart

Høst

Undervisningsspråk

Engelsk

Antall semestre

1

Vurderingssemester

Høst

Timeplan

Vis timeplan

Innhold

Ved hjelp av datamaskin orienterte øvinger formidler kurset grunnleggende og praktiske ferdigheter i bioinformatikk. Kurset omfatter følgende emner: grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html. Bruk av gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstrukasjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Innføring til scripting/Perl programmering.

Læringsutbytte

Studentene skal beherske grunnleggende ferdigheter i anvendt bioinformatikk blant annet grunnleggende forståelse og bruk av nettverksprotokoller som ftp, sftp, http og html, gen-, protein/enzym- og strukturdatabaser (primære og sekundære databaser), primer konstrukasjon for PCR og RT-PCR (QPCR), lokal og global alignment, konstruksjon av fylogenetiske trær, og verktøy for sekvensanalyse. Basale programmeringsteknikker og bruk av datamaskin innen bioinformatikk. 

Forkunnskapskrav

Ingen

Anbefalte forkunnskaper

Cellebiologi (BIO100), Biokjemi (BIO200)

Eksamen / vurdering

Vurderingsform Vekting Varighet Karakter Hjelpemiddel Exam system Withdrawal deadline Exam date
Hjemmeoppgave 1/1 2 Uker Bokstavkarakterer Inspera assessment — —


Vilkår for å gå opp til eksamen/vurdering

Obligatoriske innleveringer
Gjennomføring av obligatoriske oppgaver skal gjøres til de tider og i de grupper som er oppsatt og publisert på Canvas. Fravær på grunn av sykdom eller av andre årsaker skal snarest mulig kommuniseres til laboratorie- eller fagansvarlig. Det kan ikke påregnes å få gjennomføre lab utenom oppsatt tid hvis dette ikke er kommunisert og ny avtale gjort. Konsekvens av at du ikke har fått godkjent laboratoriearbeid er at du ikke får gå opp til eksamen i faget.

Fagperson(er)

Ansvarlig laboratorieøvelser:

Liv Margareth Aksland

Instituttleder:

Päivi Annele Teivainen-Lædre

Emneansvarlig:

Daniela Maria Pampanin

Studieprogramleder:

Mark van der Giezen

Faglærer:

Klevia Dishnica

Arbeidsformer

2 timer forelesning og 2 timer datalab pr. uke. Obligatoriske innleveringer. Emnet krever grunnleggende kunnskaper i biokjemi. 

Overlapping

Emne Reduksjon (SP)
Bioinformatikk (BIO510_1) , Bioinformatikk (MOT290_1) 10

Åpent for

Om antall deltagere må begrenses, prioriteres masterstudenter på biologisk kjemi.

Emneevaluering

Skjer vanligvis gjennom skjema og/eller samtaler i henhold til gjeldende retningslinjer

Litteratur

Book

Introduction to bioinformatics Lesk, Arthur M., © 2019; Oxford, Oxford University Press, XX, 408 sider, [2019], isbn:9780198794141,

Article

lecture notes in Perl programming Peter Ruoff,

Kontakt

Ansvarlig laboratorieøvelser:

Liv Margareth Aksland

Instituttleder:

Päivi Annele Teivainen-Lædre

Emneansvarlig:

Daniela Maria Pampanin

Studieprogramleder:

Mark van der Giezen

Faglærer:

Klevia Dishnica

Tilbys av

Det teknisk-naturvitenskapelige fakultet

Institutt for kjemi, biovitenskap og miljøteknologi

Emnebeskrivelsen er hentet fra Felles studentsystem Versjon 1